国家对合作社的惠农政策很多，按照惠农政策的涵盖范围及其特点，这些政策可以分为三大类：优惠政策、补贴类政策、专项扶持类政策。
　　优惠政策

　　合作社可以享受土地流转补贴、税收减免、用水用电优惠等优惠政策。

　　土地流转优惠全国很多地区对合作社土地流转有补贴，比如天津、河北等地流转土地100亩以上用于规模化粮食生产，给予土地流转方一次性奖励每亩100元至200元。

　　税收减免优惠一般纳税人从农民专业合作社购进的免税农业产品，可按13%的扣除率计算抵扣增值税进项税额。农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品，免征增值税；合作社向本社成员销售的农膜、种子、种苗、化肥、农药、农机，免征增值税等。

　　用电用水优惠规模化生猪、蔬菜等生产的用水、用电与农业同价；电力部门对粮食烘干机械用电按农业生产用电价格从低执行的政策。

　　补贴类政策

　　国家给予农业企业或合作社贷款补贴、购农机补贴、种粮补贴及农资综合补贴等，该政策从2003年开始实施，主要的农业补贴有：种粮直补、农资综合补贴、生猪标准化规模养殖场（小区）建设、农业保险补贴、粮食最低收购价政策、退耕还林补贴、草原生态保护补助等等。

　　专项扶持类政策

　　国家为扶持某些产业拿出专项资金，扶持资金力度大，覆盖范围相对较小，需要在项目通知后申报争取。我国专项扶持项目比较多，比如：农业综合开发贷款贴息项目，要求单笔贷款不低于100万元，不高于6000万元。农业综合开发产业化经营项目、土地治理项目，扶持资金80万元至160万元。规模化养殖场、养殖小区、集中供气等沼气工程项目，扶持资金20万元至80万元。“菜篮子”产品生产扶持项目，扶持资金100万元左右。

　　农业综合开发产业化经营项目财政补助项目、龙头企业带动产业发展和“一县一特”产业发展试点项目，扶持资金龙头企业100万元至300万元，合作社50万元至150万元。