农村土地流转在改变农村面貌、激发农业生产活力并促进农民富裕的同时也产生了一些问题，有些甚至激化为法律纠纷或群体事件，尤其是集体建设用地流转和耕地的非农流转，更是农村土地流转问题的焦点。而在这些问题的背后，一方面是集体土地法律权属地位模糊与市场身份不确定等体制制度性原因所致，另一方面是基层政府和村组织乃至部分农民法律意识淡薄所致。

 

　　从宏观层面看，一是按照《土地管理法》规定，集体建设用地具体区分为规划建设用地和建设项目用地，而从规划建设用地变为建设项目用地须逐批逐次审批，但现实是集体建设用地大多为规划用地，而土地流转受让一方一般愿意承租规划用地而非项目用地。如果严格按照《土地管理法》规定流转，那么集体建设用地的市场价值就会缩水，而如果将规划用地纳入流转之列，耕地保护又成问题，现实中一些规划农地在“生态农业”、“设施农业”、“家庭农场”名义下流转后实际上都成了变相的旅游项目、工业项目甚至房地产开发项目，如何处理好保护耕地与促进农民致富这一关系对相关部门来说是一个难题。二是目前在农村，特别是在东部沿海农村地区，真正符合规划用途管制要求的集体建设用地数量有限，一些村委会和乡镇政府为招商引资和为集体创收，便通过“以租代征”来逃避用途管制，如在经济发达的珠江三角洲地区，流转的集体建设用地竟超过实际集体建设用地的50%，基本上通过“出租”来实现，即便是在一些经济欠发达地区，这一比例也超过20%。流转量大大超过存量并以“出租”形式流转意味着越来越多的耕地被占用，一些集体土地被擅自改变原本属于农业或公益的用途，直接导致对集体土地的“掠夺性”开发。三是一些地方政府长期依赖廉价征收集体土地取得财政收入，故对农村集体建设用地流转不积极、不作为。四是我国幅员辽阔，地区差别很大，靠近大城市的农村和东部沿海地区集体土地流转乃至资本化相当普遍，级差地租等土地的财富效应明显，而远离大城市的农村和中西部地区经济落后，对土地等生产要素需求较少，集体土地流转甚至要靠政府规定最低保护价才不至于以象征性价格出让，地区差别所导致的苦乐不均现象十分严重。五是由于法律权属模糊与市场地位不明确，在集体土地流转，特别是集体建设用地流转中引发了许多利益纠纷，当地政府大多只能采取息事宁人甚至以政府出钱“买单”的方式维稳，给财政造成了不应有的负担，也损害了政府公信力和法律权威，致使少数过激者有恃无恐，屡屡挑战法律底线。

 

　　从微观层面看，一是在城乡接合部集体建设用地的流转有相当一部分是从事“小产权房”的开发，这类开发一般由村委会或乡镇政府主导开发，以“旧村改造”、“村镇建设”、“新农村建设”等名义，利用集体建设用地乃至农民宅基地建设住房，满足当地农民的居住需求后，将其余部分进行市场销售，所获收益归集体所有，向村民分红。“小产权房”所占用的集体建设用地既不是规划中的住宅开发土地，也没有缴纳土地出让金，更没有土地使用和住宅开发许可证，它的存在严重扰乱了正常的房地产市场秩序，也导致农村集体建设用地管理失控，国家税费收入大量流失，交易双方利益均得不到法律保障。二是农民利用宅基地建房出租出售给农民工或城市居民的情形在城郊非常普遍，已经形成了一个规模巨大的宅基地和私有房屋的隐形交易市场，由于这些房地产不在政府规划之列，基础设施和公共服务无从保障。三是农村建设用地开发主体大多是村委会和乡镇政府，在巨大的利益诱惑下，少数基层干部徇私舞弊，侵吞集体财产，引发农民群众的义愤，甚至引发群体事件，影响社会稳定。四是部分村集体和村民对土地流转收入“吃光拿光”，既不留集体公积金、公益金之类的积累，也不偿还集体经济组织债务，甚至也不参加社会保险，而“吃光拿光”后，村民生活无保障，还是要找政府解决，造成新的社会问题。五是耕地流转模式五花八门，许多流转模式随意使用，缺乏法律依据，极易引发流转纠纷。六是部分沿海农村地区为推进城市化而尝试农民进城的“三置换”，其中就有农民宅基地置换城市住宅和农民承包田置换城市社会保险，然而在承包田局限在内部流转，宅基地不能上市交易的制度限制下，这些做法存在严重的合法合规性疑问，容易留下隐患。